By Tingting, 6 December, 2023
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参考文献：Kunpeng Li et al., 2023, Nature Communications. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-023-42336-w 

CRAQ （Clipping information for Revealing Assembly Quality），可以在单碱基水平检测和评估基因组序列的精准度，并提供了相关纠错方案。

软件下载及参数说明： https://github.com/JiaoLaboratory/CRAQ 

软件下载步骤： 1、配置环境      2、下载及测试的命令

  • SAMtools下载：

    在centos系统的容器中直接输入命令

    yum install SAMtool

  • Minimap2下载：

    git clone https://github.com/lh3/minimap2.git  #下载minimap
cd minimap2  #进入minimap2
make

  • CRAQ下载

    git clone https://github.com/JiaoLaboratory/CRAQ.git #下载
cd CRAQ/Example/ && bash run_example.sh  #进入CRAQ并测试

目前，在93服务器 wuxiaopei_bwa_samtools_picard_GATK 容器中CRAQ软件配置完成。