在91上的容器Lauraceae进行测试

1、首先对应示例data文件中的example.gff和example.blast对我的数据进行更改（这里用的是浙江樟cj和牛油果pa的数据），因为diamond相比较于blast+比对速度很快，这里就使用diamond去得到了blastp的比对结果作为blast文件，并命名为cj_pa.blast。示例文件部分结果如下：

Os12t0101901    Os11t0102301    99.19   123     1       0       1       123     1       123     4e-54    205
Os12t0101901    Os12t0101901    100.00  123     0       0       1       123     1       123     5e-54    205
Os12t0102000    Os11t0102400    100.00  66      0       0       45      110     45      110     2e-32    133
Os02t0558500    Os02t0558500    100.00  353     0       0       1       353     1       353     2e-172   600
Os12t0102350    Sb07g006230     67.43   218     63      2       7       217     8       224     2e-61    232
Os12t0102350    Sb08g021135     46.79   109     56      2       83      191     364     470     9e-18   87.0
Os12t0102350    Sb08g021135     34.81   135     83      3       83      217     153     282     6e-12   67.4

我的cj_pa.blast部分如下：

Cj01G0000100.1  Cj01G0000100.1  100.0   465     0       0       1       465     1       465     1.6e-265        914.1
Cj01G0000100.1  Cj01G0000200.1  95.0    476     13      2       1       465     1       476     7.9e-252        868.6
Cj01G0000100.1  Cj01G0000200.2  95.0    476     13      2       1       465     1       476     7.9e-252        868.6
Cj01G0000100.1  Pa02g0009.2     92.2    476     26      2       1       465     1       476     4.2e-245        846.3
Cj01G0000100.1  Pa02g0004.1     91.4    478     28      2       1       465     1       478     2.3e-243        840.5

2、接着对他们的gff进行处理并且合并，示例文件部分结果如下：

os5     Os05t0507200    25150045        25150392
os2     Os02t0774100    33540257        33541838
os5     Os05t0480600    23720056        23723583
sb1     Sb01g043420     66594964        66597064
sb2     Sb02g005690     6747416 6751797
sb8     Sb08g005355     7003051 7003278

我的文件部分结果如下：

cj1 Cj01G0000100.1 65612 66103
cj1 Cj01G0000200.1 114547 115071
cj1 Cj01G0000200.2 114547 115071
pa1 Pa01g0001.1 49782 50495
pa1 Pa01g0002.1 53622 54250
pa1 Pa01g0003.1 117850 118086

3、使用命令 MCScanX cj_pa 后按理来说会输出两个文件.collinearity和.html，前者是共线性的结果，类似于：

############### Parameters ###############
# MATCH_SCORE: 50
# MATCH_SIZE: 5
# GAP_PENALTY: -1
# OVERLAP_WINDOW: 5
# E_VALUE: 1e-05
# MAX GAPS: 25
############### Statistics ###############
# Number of collinear genes: 33937, Percentage: 50.45
# Number of all genes: 67274
##########################################
## Alignment 0: score=559.0 e_value=1.8e-34 N=13 os1&os1 plus
  0-  0:        Os01t0584200    Os01t0713850      7e-15
  0-  1:        Os01t0584900    Os01t0714800      2e-30
  0-  2:        Os01t0588200    Os01t0715500      9e-12
  0-  3:        Os01t0589200    Os01t0716500      7e-62

同样运行命令后我的就是会输出这两个文件，但是是空结果：

############### Parameters ###############
# MATCH_SCORE: 50
# MATCH_SIZE: 5
# GAP_PENALTY: -1
# OVERLAP_WINDOW: 5
# E_VALUE: 1e-05
# MAX GAPS: 25
############### Statistics ###############
# Number of collinear genes: 0, Percentage: 0.00
# Number of all genes: 1
##########################################

这几天我也排除了比对结果的问题（包括阈值、物种数量、cds和基因起止点等）、gff注释的问题（包括二者基因编号的差距、染色体编号的规范、基因命名的规范等），但就是无法跑出结果，非常费解