使用bedtools筛选候选基因时，按照原先的命令，输入后竟然发现报错。

显示：输入文件有问题。

vim 查看文件内容是正常的，

于是开始检查文件。

#文件名为GWAS_Results.BLINK.leafW.pvalue6.txt
#检查文件属性
file GWAS_Results.BLINK.leafW.pvalue6.txt
#检查制表符
cat -t GWAS_Results.BLINK.leafW.pvalue6.txt
#结果如下：

文件属性输出应该是ASCII text 或 UTF-8 text，而这个文件是UTF-16。

#将空格转为制表符
sed -i 's/ \t/\t/g' GWAS_Results.BLINK.leafW.pvalue6.txt
#转换文件格式
iconv -f UTF-16 -t UTF-8 GWAS_Results.BLINK.leafW.pvalue6.txt > GWAS_Results_BLINK_leafW_pvalue6_utf8.txt
#结果如下

发现，末尾仍有回车符号

#删除回车符号
sed -i 's/\r$//' GWAS_Results_BLINK_leafW_pvalue6_utf8.txt
#使用bedtools可读取

原以为使用只使用2个bedtools的命令不会出现报错问题，结果还是因为文件的问题出现报错。

总结，运行前检查文件内容，文件属性，文件中制表符！