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首先构建hifi组装的容器
docker run -itd -v /data/wuxiaopei_93/pacbio:/home --name hifi ash123fhd/centos:7.6 /bin/bash
下载软件
wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/archive/refs/tags/0.19.6.tar.gz
版本:Hifiasm-0.19.6-r595
docker exec -it hifi bash
2023/9/27第一次跑hifiasm,加了入hic数据
/Hifiasm/hifiasm-0.19.6/hifiasm -o TG_male.asm -t 72 --h1 TG_hicR1.fq.gz --h2 TG_hicR2.fq.gz TG_hifi_bam.fastq
2023/10/7 killed
找原因:
可能内存不足?
2023/10/9 加入-f38参数第二次跑
/Hifiasm/hifiasm-0.19.6/hifiasm -o TG2_male.asm -t50 -l0 -f38 --h1 TG_hicR1.fq.gz --h2 TG_hicR2.fq.gz TG_hifi_bam.fastq
在页面排版时,需要再注意一下
在页面排版时,需要再注意一下。如图所示,选择Full HTML会出来排版的小工具栏。
选择Basick HTML需要自己添加HTML代码,来实现分段等等的。