使用皮尔逊相关系数计算两个基因的共表达，通常会筛选出很多的候选基因，多达上千个，这对后续的分析是非常不友好的；另外将基因的共表达关系分为正共表达和负共表达也是不合理的，因为A和B之间负共表达，则B和A之间肯定是正共表达，从这一点说划分为正共表达和负共表达无意义。

A的共表达对有1000，例如B是其中的一个partner；而和B共表达的partners有2000，A也处于其中。在什么情况下可以认为A和B发生了共表达。可以使用互惠排名来进行，如果排名排在了一定的阈值范围内的时候，则认为A和B发生了共表达。下面公式是互惠排名的一个公式。

其中Rank(A->B)表示与A共表达的对中Ｂ的排名；Rank(B->A)表示B的共表达的对中A的排名，当rank小于一定阈值的时候认为两者之间发生了共表达。

下面的数据库COXPRESdb就是用了这样的原理构建了共表达关系（引用量还可以）。