准备文件：关联出的相关位点、gff注释文件

1、确定区间：

查看文献以及参考bedtools使用的软件流程，确定显著位点上下游10kb的基因。

注：10kb可以根据自己的要求进行修改

# LeafS_new_GLM_GWAS7.bed文件是关联出的位点，合并位点信息，生成qujian文件
bedtools merge -i LeafS_new_GLM_GWAS7.bed >snp_qujian.bed

2、提取gff中染色体信息

#使用全部的gff文件会报错，位点信息都在4号染色体上，于是提取4号染色体的gff文件
grep '^chr04' t2.gff3 > chr04_records.gff3
#将提取出的染色体进行排序
bedtools sort -chrThenSizeA -i chr04_records.gff3 >chr04_size.gff3

3、筛选候选基因

bedtools intersect -a chr04_size.gff3 -b snp_qujian.bed -wa >pvalue7_chr04_10kb_gene.txt
#pvalue7_chr04_10kb_gene.txt是注释的区间，从中挑选基因信息和其他信息

4、NCBI上比对

选择几个近缘物种

结果如下：

参考：使用bedtools进行gwas基因注释_如何研究没有注释的基因-CSDN博客