可以进行关联分析软件：
# tassel:
1、安装方法：下载tassel-5压缩包，解压后添加到环境变量；
2、本地和服务器的tassel功能都很多，可以转换文件、分析亲缘关系、群体关系、作图等等，使用tassel将vcf文件转换为hmp.txt文件，其他没有多研究。
参考：GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程_tassel5 thinsite-CSDN博客
# emmax：
1、安装方法：下载emmax压缩包，解压后添加到环境变量；
2、该软件操作比较方便，可以分析亲缘关系等，但是一次只能关联单个性状，并且只能添加一个协变量。
参考：全基因组关联分析（GWAS）软件：emmax-CSDN博客
# gapit：
1、gapit官网，参考官方文档以及起睿师兄的流程
2、软件依赖较多R包，需要配置好环境，以及运行时参数的设置。
4个关联模型简单介绍以及区别：
1、MLM（混合线性模型）：
适合具有复杂层次结构或多层数据的情况，比如遗传数据中可能存在的亲缘关系，当数据中存在随机效应时，MLM可以更准确地估计参数的标准误差和p值。
2、GLM（广义线性模型）：
更适用于简单的线性关系，特别是没有复杂层次结构的情况。GLM通常只考虑固定效应，因此在解释固定效应方面更直接。
3、FarmCPU：
专门用于处理具有复杂的亲缘关系和种群结构的数据。在进行关联分析时考虑了基因型与种群结构之间的关系，有助于减少假阳性结果。特别适用于种群结构明显、群体之间差异大的研究，例如人类群体遗传学研究和农作物遗传改良研究。
4、Blink：
利用快速线性模型和贝叶斯变体选择来提高关联信号的检测能力。适用于大规模的基因组关联研究，能够更快速地处理大量数据。在需要高效处理大规模基因组数据、提高关联信号检测能力的情况下特别适用。