所需文件：vcf文件

使用到的软件vcftools、plink、admixture

#vcftool、plink软件通过压缩包下载安装

#使用vcftools转化为plink格式

vcftools --vcf sample.vcf --plink --out sample_plink

#使用plink生成bed文件

plink --file sample_plink --make-bed --out sample_bed

#使用conda下载admixture

conda install admixture

#运行admixture

for K in 1 2 3 4 5 7 8 9 10; do admixture --cv sample_bed.bed $K | tee log${K}.out; done       #sample_bed.bed为变异位点的文件

#提取admixture结果文件中的结果，CV值越小越好

grep -h CV log*.out

结果类似如下：

#挑选K=4的Q文件，手动添加样本名称，另存为群体结构的文件，作为协变量，加入GAPIT中分析。