问题描述：

在使用orthofinder v2.5.5 查找直系同源基因时，选择diamond作为比对程序时，遇到下面报错：

OrthoFinder version 2.5.5 Copyright (C) 2014 David Emms

2024-06-12 15:24:44 : Starting OrthoFinder 2.5.5
96 thread(s) for highly parallel tasks (BLAST searches etc.)
12 thread(s) for OrthoFinder algorithm
Checking required programs are installed
----------------------------------------
diamond produced the following output:
Error: Invalid option: ignore-warnings
Error: Invalid option: ignore-warnings
ERROR: Cannot run diamond
Please check diamond is installed and that the executables are in the system path
ERROR: An error occurred, ***please review the error messages*** they may contain useful information about the problem.
(orthofinder) root@f94880117bf4:/home/rhod_phy_tree/rhod_pep# orthofinder -v
OrthoFinder version 2.5.5 Copyright (C) 2014 David Emms
Unrecognised argument: -v
ERROR: An error occurred, ***please review the error messages*** they may contain useful information about the problem.

查看发现是diamond  --ignore-warnings参数出现了问题。

但是在安装的过程中，是利用conda直接安装的orthofinder，版本为2.5.5；在使用的过程中，也一直是利用orthofinder调用diamond，并没有添加任何额外的参数。

此外，还检查了环境内是否有安装diamond，以及diamond的环境变量等，并未找到问题。

解决：

最后，在https://github.com/davidemms/OrthoFinder/issues/826帖子中找到了解决办法。

可以将orthofinder的版本退回到 2.5.4 就可以避免diamond报错的问题。

conda install -c bioconda orthofinder=2.5.4 -y