By masiyi, 5 August, 2024
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继前面使用MCScanX自带工具进行可视化以后,觉得有点丑陋,后续发现了新的一个在线工具:synvisio

1.首先进行结果文件的上传

点击导航栏处的 UPLOAD OWN DATA TO DASHBOARD,这里需要上传我们使用MCScanX得到的 MCScanX Collinearity File和 GFF File,到这里就可以得到最基础的两个物种间的共线性结果可视化了(这个暂时只支持做两个物种的共线性关系)

 

2.其次对可视化进行配置

点击SYNTENY DASHBOARD,配置选择 Single Level AnalysisMulti Level Analysis、Basic Dashboard、Rounded Edges、Chromosome Source (repeating 10 color scale)获得默认配置,接着在Filter Panel选择感兴趣的染色体编号后点击GO即可

PS:经过测试,这里最多只能展示二十四条染色体之间的共线性关系(两个物种染色体之和),超过后就没法显示全,这是一个比较大的弊端

接下来是得到的结果:

结果图(parallel plot和dot plot)可以分开进行下载,选择不同分辨率(Regular、2x和10x)和格式(PNG和SVG)