基于基因组数据文件和注释文件，利用gffread命令生成蛋白质序列文件时，出现了下面报错信息：

# 提取蛋白质的输入命令：
gffread R.vialii
.gff -g R.vialii
.fasta -y R.vialii
.protein.fa

# 报错信息：
Warning: couldn't find fasta record for 'GWHCAXW00000027'！
Error: no genomic sequence available (check -g option!)

但是通过提取基因组文件和注释文件中的染色体名称后，发现两个文件中都有 'GWHCAXW00000027' 这一条染色体的相关信息，并不存在序列确实的文件。重新运行该命令后依旧会报错。

后续发现，gffread命令会在中途生成一个 .fai 的索引文件，在这个索引文件中包含了所有的染色体信息。但是第一次使用gffread的时候，生成的文件少了一条序列，所以后续的反复尝试都是基于这个文件进行的，所以重新运行后也一直在报错。

解决办法：删掉之前生成的索引文件，再重新运行gffread就可以了。总结，后续使用gffread报错时，应首先去检查索引文件是否正确。