1. ingroup物种选择错误

ingroup需要填写感兴趣的物种；outgroup是研究的物种的外类群。但是，需要注意的是ingroup和outgroup不应该包含全部的物种。

2. Blast报错

# 报错的具体信息：
Error:(803.7)Blast-def-line-set.E.seqid.E.local.str
Bad char [0x9]in Visiblestring at byte 252

该错误是由于物种的蛋白质序列文件出错所导致的，需要利用gffread根据基因组序列文件和注释文件重新生成蛋白质序列文件。但，并不清楚到底为什么下载的蛋白质序列文件会在makeblastdb这一步报错。

3. 基因ID不规范导致的报错

# 报错的具体信息：
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ../Griffin/Griffin.pl line 1105.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ../Griffin/Griffin.pl line 1106.
sh: 1: WGS:WJXA: not found
sh: 1: Rhsim01G0016000.1: not found

经检查，该错误是由于文件内的基因ID不规范所导致的。如果基因ID中含有“-”“|”“:”等特殊字符时，会影响程序的判断。此处的报错是因为在识别基因ID的过程中以“-”作为了分隔的判断，最终导致显示基因ID找不到的报错。因此在运行前，需要检查物种的基因ID是否含有特殊字符。

4. 控制文件中的物种起名导致的报错

最开始，在控制文件中以类似“R.moll“的名称作为物种的名字，但是在运行的过程中会出现以下的报错

# 报错的具体信息：
Deep recursion on subroutine "main::iteration_tree" at ../Griffin/Griffin.pl line 1164.
panic: memory wrap at ../Griffin/Griffin.pl line 1164

该报错显示进化树有问题，最后发现是在树结构的物种名字中使用了“.”这一符号，导致树结构识别错误。因此，在控制文件中给物种重命名时，需要保证 名称不要过长 以及 不要使用特殊符号 。