- docker load -i fhd-snake.tar
- docker run -itd -v /data/zhangcj:/home/data --name Fhd_Trans_zcj fhd-snake:1.0 /bin/bash
1️⃣ 按照说明文档执行,sample文件夹内的raw data必须是fastq.gz后缀
2️⃣ info.csv,与CONTROL, TREAT要对应,但目前只能处理一组数据,也就是只能各自选择一个。
3️⃣ 选择了-j 24这个参数,92 CPU基本上达到了100%,也就是说,92共计24个物理CPU核心,每个核心有4个逻辑核,共计96个。
4️⃣ 第一个步骤还比较快,第二个(?)步骤(hisat2-build-xxx),感觉会耗时比较长,大约用了9个物理核心。