基因家族-顺式作用元件分析需要提取CDS上游2000bp,下面提供两种提取方式
方案一:TBtools
方案二:samtools+bedtools
因为gff文件格式不是很规范,因此尝试使用samtools+bedtools解决
目前可视化使用TBtools完成
【金山文档 | WPS云文档】 顺式作用元件分析 https://kdocs.cn/l/cqZxWktHYYuE
【金山文档 | WPS云文档】 使用bedtools、samtools批量提取目标基因(上游2000bp)序列
https://www.kdocs.cn/l/crYtyUFBCGIE
使用bedtools、samtools批量提取目标基因(上游2000bp)序列
【金山文档 | WPS云文档】 使用bedtools、samtools批量提取目标基因(上游2000bp)序列
https://www.kdocs.cn/l/crYtyUFBCGIE