1.数据查找

在NCBI下载转录组数据时推荐通过以下方式：

点击SRA

Send to——Run Selector——Go

即可得到：

选择需要下载的sra数据下载Accession List即可获得id

2.下载方法（提前下载SRA Toolkit）

注意：下载数据格式为xxx.sra，如果下载为其他格式，例如：xxx.sralite（精简版本），转换为fastq过程中会出问题 请检查SRA Toolkit是否安装成功

以SRR12634408为例

在命令行输入

prefetch SRR12634408

若想限制下载大小，加参数--max-size

例如：设置下载文件的最大允许大小为 100 GB，超过此限制会终止下载并报错

prefetch SRR12634408 --max-size 100G

批量下载：

将需下载SRR***，保存于txt文档中，xxx.txt

例：

prefetch --option-file list.txt

二、将SRA转为fastq

单端测序：

fastq-dump SRR12634408

双端测序：

fastq-dump --split-3 SRR12634408

fastq.gz格式

fastq-dump --split-3 SRR12634408.sra --gzip

批量转化

parallel -j 4 "fastq-dump --gzip --split-files -A {.} {}" ::: *.sra

parallel

• GNU Parallel 工具的主命令，用于并行执行任务
• 自动将任务分配到多个 CPU 核心同时运行

-j

并行作业数

• :::：Parallel 的参数分隔符，后面跟着要处理的项目列表
• *.sra：通配符，匹配当前目录下所有 .sra 文件

注意：

检查parallel是否已安装，如果未安装，需先安装

parallel --version

sudo apt-get install parallel