1.在 JBrowse 中，各个文件类型对应的文件格式如下：

• BED（Browser Extensible Data）：使用文本文件（通常是以制表符分隔）表示基因组上的特征或注释信息，例如基因、位点等。可以用于创建基因组注释跟踪（Annotation tracks）、基因结构跟踪（Gene structure tracks）和其他特征跟踪（Feature tracks）。

• GBK（GenBank）：使用 GenBank 文件格式来存储生物学序列、特征和相关注释信息的文件，一般用于存储完整的基因组序列和预测的基因组注释信息。主要用于创建基因组注释跟踪，以显示完整的基因组序列和注释信息。

• BAM（Binary Alignment/Map）：二进制比对/映射文件，主要用于存储DNA或RNA序列与参考基因组的比对结果，包括序列读取在基因组上的位置、碱基质量得分等信息。通常用于比对/映射跟踪（Alignment tracks），用来显示 DNA 或 RNA 序列与参考基因组之间的比对结果。

• CRAM（Compressed BAM）：压缩的二进制比对/映射文件，类似于BAM文件，但使用了更高效的压缩算法，可以减小文件的存储空间占用。

• VCF（Variant Call Format）：变异调用格式文件，用于存储关于个体或样本的基因组变异数据，如单核苷酸变异（SNV）、插入缺失（Indel）等。用于变异调用跟踪（Variant calling tracks），用来显示基因组中的变异位点和相关信息。

• BW（BigWig）：一种用于存储和展示基因组上数值型信号数据（如测序深度、甲基化水平等）的文件格式。用于数值型信号跟踪（Signal tracks），例如基因组测序深度、表观遗传学修饰水平等。

PS：需要注意的是，这些文件类型只是用来描述数据的格式和内容，并不一定代表对应的文件扩展名。同一个文件类型可以有多种不同的文件扩展名，具体使用哪个扩展名取决于实际情况和数据处理软件的要求。

2.除去Alignment（比对轨道）、HTML features和Canvas features三种基本轨道外其它支持的轨道需要的数据（也可以说是除了基础轨道外的扩展轨道类型）

HTMLVariants（变异轨道）需要使用如VCF（Variant Call Format）文件中的变异记录作为数据源来在HTMLVariants轨道中呈现相关的变异信息。和XYPlot（XY轨道）：XYPlot轨道用于绘制柱状图或折线图等二维数据。与.fa文件不同，XYPlot轨道一般使用其他格式的数据集，如JSON或TSV（制表符分隔值）文件，作为数据输入。需要准备包含有效数据点的输入文件，并根据该文件的格式和字段配置XYPlot轨道。

3.定制轨道（以BAM文件为例）

1）使用相关工具处理成JBrowse所支持的文件后，放入JBrowse下的目录中并给予合适的读写权限；

2）在JBrowse的配置文件（一般是jbrowse.conf文件）中添加BAM轨道的相关信息，并添加以下配置内容：

其中UrlTemplate和baiUrlTemplate分别是上传BAM和BAI文件的路径；key是标识符用于区分不同的轨道；label填入想要显示在轨道上的标签；type是选择轨道类型

            
            "baiUrlTemplate": "bam/pame.hifi.bam.bai",
            "key": "hifi_bam",
            "label": "hifi_bam",
            "storeClass": "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
            "type": "JBrowse/View/Track/Alignments2",
            "urlTemplate": "bam/pame.hifi.bam"