一、使用mafft和IQtree分析数据

#创建conda，在conda中创建iqtree
conda create -n iqtree
conda activate iqtree
# 添加通道
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
# 更新通道信息
conda update --all
#下载iqtree和mafft
conda install iqtree
conda install mafft
#比对文件，将2个物种比较的蛋白质序列全放在all_tg_at_sweet_pep.fasta
文件中
mafft --auto all_tg_at_sweet_pep.fasta
 > all.fasta.mafft
#使用iqtree完成进化树绘制
#-o 是指的外类群
iqtree -s all.fasta.mafft -bb 1000 -redo -alrt 1000 -m MFP -nt AUTO -o AtSWEET1,AtSWEET2,AtSWEET3,AtSWEET4,AtSWEET5,AtSWEET6,AtSWEET7,AtSWEET8,AtSWEET9,AtSWEET10,AtSWEET11,AtSWEET12,AtSWEET13,AtSWEET14,AtSWEET15,AtSWEET16,AtSWEET17 -pre /home/sweet_iqtree
#跑出结果，结果如下，导出.treefile文件
#在线iqtree网站进行美化

结果如下：

二、使用在线网站美化图片

iTOL在线网址：iTOL: Interactive Tree Of Life

1、上传文件，将.treefile文件上传。

2、对图片进行美化，选择进化树的形状，例如环状、正常、无根

3、advanced可修改步长等等，按需修改。

4、修改分支颜色，点击分支，创建分组，选好颜色后，将其他分支加入分组就好。

5、整理好后，导入图片即可。

举例：