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背景

假设

我假设在（2n-3n]的个体中，每一个三条染色体的Homoeologous Group，其中两条是完全相同的，类似于AAB式，由于香榧的杂合度很高，这种个体获得了类似于杂交缓冲的效果。

我希望通过SNP数据验证（2n-3n]个体中，对于任何一个3条染色体组成的Homoeologous Group中。

实践逻辑

因为我们现在非整倍体的材料，只有披针榧雌，F10，所以实际操作就是从F10上把对应的染色体上的SNP数据提取出来，上次我是用雌树的hap1版本的基因组跑的SNP mapping，然后发现多一条的是，Hic13 ，对应Nc的6号染色体。

下一步就是，从汇总的vcf文件中把F10的Chr6提取出来，然后计算每个杂合位点的测序深度比例。

当然，由于这个文件是处理过的，已经是只有双等位基因的文件，这样是没有办法用的，我得看一下没有修正的文件，

重新思考一下我们的假设：

现在我知道Chr6有三条染色体，对于这个染色体group上的每条染色体，对于每个SNP，只应该有以下几种情况：

SNP 是完全相同的 这个位点上，表现为AAA

SNP是不完全相同的，这个位点上，表现为AAB,

SNP是完全不相同的，这个位点，表现为ABC

即使这个个体是明确的2n的个体，也会有一些位点是三杂位点。有可能是个体在这个片段上有多一份拷贝，多出来的这份拷贝上有变异，或者有部分细胞发生了体细胞突变，都有可能的，所以不能用绝对数据量，要用相对的数据量，如果这个染色group整体是AB→→ABB/AAB，那么三杂位点的数量应该不会大规模的增加，这样推理合理吗？

也就是说，我最后检验的方法，是3n的group相对于2n的group，三杂位点的比例没有大规模增加，那么我就说，这个Homoeologous Group是AAB组合的。
话又又又又说回来了，非整倍体就一定应该和三倍体是相同的逻辑吗，我觉得也不好说，非整倍体不一定是