全基因组关联分析流程

https://kdocs.cn/l/ct8EMEnt9w2U

流程包括：

数据的转换-主成分分析-结果作图（PCA分析）-EMMAX-EMMAX结果作图（QQ图、曼哈顿图）-GEMMA-GEMMA结果作图

注意事项：

1. 注意检查文件是否过滤，避免GWAS分析报错。
2. PCA分析的结果作图，观测是否能够分成两个聚类，随后进行GWAS分析。

显著位点筛选

https://kdocs.cn/l/cc8n8ha5tcJw

注：此流程是继GWAS流程结果进行筛选，随后进行这些位点的定位。

基因定位

富集分析

亲缘关系矩阵计算

https://kdocs.cn/l/ctXecbDMjTrV

计算LD

https://kdocs.cn/l/cePZ746MKmP0