注:使用脚本在附件中
•main.py - 自动化流程控制
•bmk_spatial_h5ad.py - 数据转换脚本
将数据转换为Scanpy兼容的h5ad格式
•S1000_Scanpy_v1.0.py - 可视化分析
(1)预处理 ①展示在所有细胞中占比最高的基因的计数(top10); ②过滤;③标准化; ④识别高度多变的基因(top2000); ⑤利用回归模型消除不同细胞的counts之间的差异(测序导致)
(2)聚类
(3)差异分析(每个聚类top20)
注:使用脚本在附件中
•main.py - 自动化流程控制
•bmk_spatial_h5ad.py - 数据转换脚本
将数据转换为Scanpy兼容的h5ad格式
•S1000_Scanpy_v1.0.py - 可视化分析
(1)预处理 ①展示在所有细胞中占比最高的基因的计数(top10); ②过滤;③标准化; ④识别高度多变的基因(top2000); ⑤利用回归模型消除不同细胞的counts之间的差异(测序导致)
(2)聚类
(3)差异分析(每个聚类top20)