由于使用睿远的发布的代码，但是会出现以下这种情况。

举例，原本基因名为evm.TU.PTG000033L.1 新的基因ID为TgSBT1。那么检测到evm.TU.PTG000033L.10这种也会替换将前面的evm.TU.PTG000033L.1的替换掉就变成TgSBT10。

于是，想了一个稍微笨一点方法。

首先是提取基因在染色体上的位置，通过excel排序生成一个包含老基因和新基因名的文件。再根据文件来进行替换。

1、先是生成染色体位置的文件

# 读取基因ID列表
with open('D:/1、博士期间/9、博士-实验以及项目/1、扦插苗转录组实验/比较雌树和雄树的差异/6、基因家族分析/SBT基因家族/TgSBT_gene_id.txt', 'r') as f:
    gene_ids = set(line.strip() for line in f)

# 用于记录已经输出过的基因ID
output_gene_ids = set()

# 打开GFF文件和输出文件
with open('D:/1、博士期间/9、博士-实验以及项目/1、扦插苗转录组实验/香榧根腐病转录组/0、香榧cds.pep序列/Tgra.chr.TU.gff.txt', 'r') as gff_file, open('D:/1、博士期间/9、博士-实验以及项目/1、扦插苗转录组实验/比较雌树和雄树的差异/6、基因家族分析/SBT基因家族/gene_location', 'w') as output_file:
    for line in gff_file:
        if line.startswith('#'):
            continue  # 跳过注释行
        fields = line.strip().split('\t')
        attributes = fields[8]
        # 解析属性字段，查找基因ID
        for attr in attributes.split(';'):
            if attr.startswith('ID='):
                gene_id = attr[3:]
                if gene_id in gene_ids and gene_id not in output_gene_ids:
                    chromosome = fields[0]
                    start = fields[3]
                    end = fields[4]
                    # 写入输出文件
                    output_file.write(f'{gene_id}\t{chromosome}\t{start}\t{end}\n')
                    # 记录已经输出过的基因ID
                    output_gene_ids.add(gene_id)

2、通过excel排序后，添加基因家族新的ID，生成新的文件，第一列为old_id，第二列为new_id。

3、在通过比对GFF文件中的ID，进行替换。

因为基因ID前面是=，后面是；所以在代码中，明确识别=与；之间的基因ID，这样不会出现上述的问题。这样就生成的新的GFF文件。

# 定义读取 ID 映射文件的函数
def read_id_mapping(mapping_file):
    id_mapping = {}
    try:
        with open(mapping_file, 'r', encoding='utf-8') as f:
            for line in f:
                try:
                    # 按逗号分割每行，获取旧 ID 和新 ID
                    old_id, new_id = line.strip().split(',')
                    id_mapping[old_id] = new_id
                except ValueError:
                    # 打印格式错误的行
                    print(f"Invalid line in mapping file: {line.strip()}")
    except FileNotFoundError:
        print(f"Error: The mapping file {mapping_file} was not found.")
    return id_mapping

# 定义替换 GFF 文件中 ID 的函数
def replace_ids_in_gff(gff_file, id_mapping, output_file):
    try:
        with open(gff_file, 'r', encoding='utf-8') as infile, open(output_file, 'w', encoding='utf-8') as outfile:
            for line in infile:
                if line.startswith('#'):  # 跳过注释行
                    outfile.write(line)
                    continue
                # 按制表符分割每行，获取各字段
                fields = line.strip().split('\t')
                attributes = fields[8].split(';')
                new_attributes = []
                for attr in attributes:
                    if '=' in attr:
                        # 提取属性名和值
                        key, value = attr.split('=', 1)
                        # 检测是否存在映射关系
                        if value in id_mapping:
                            # 如果旧 ID 存在于映射字典中，替换为新 ID
                            new_value = id_mapping[value]
                            new_attributes.append(f'{key}={new_value}')
                        else:
                            new_attributes.append(attr)
                    else:
                        new_attributes.append(attr)
                # 更新属性字段
                fields[8] = ';'.join(new_attributes)
                # 将处理后的行写入输出文件
                outfile.write('\t'.join(fields) + '\n')
    except FileNotFoundError:
        print(f"Error: The GFF file {gff_file} was not found.")
    except Exception as e:
        print(f"An unexpected error occurred: {e}")


# 主程序
if __name__ == "__main__":
    # 替换为你的 ID 映射文件路径
    mapping_file = r"D:/1、博士期间/9、博士-实验以及项目/1、扦插苗转录组实验/比较雌树和雄树的差异/6、基因家族分析/SBT基因家族/按顺序命名新的基因ID.csv"
    # 替换为你的 GFF 文件路径
    gff_file = r"D:/1、博士期间/9、博士-实验以及项目/1、扦插苗转录组实验/香榧根腐病转录组/0、香榧cds.pep序列/Tgra.chr.TU.gff.txt"
    # 替换为你想要保存的输出文件路径
    output_file = r"D:/1、博士期间/9、博士-实验以及项目/1、扦插苗转录组实验/比较雌树和雄树的差异/6、基因家族分析/SBT基因家族/new.id.gff.txt"
    # 读取 ID 映射文件
    id_mapping = read_id_mapping(mapping_file)
    # 替换 GFF 文件中的 ID
    if id_mapping:
        replace_ids_in_gff(gff_file, id_mapping, output_file)
 
 #代码均有AI生成，只要给与明确、详细的指令，就可以得到成功的代码！