#安装软件
git clone https://github.com/wyp1125/MCScanX.git
cd MCScanX
apt update
apt install openjdk-11-jdk
make
#下载完了之后，会有示例数据
#检查示例数据的内容以及格式，将自己的文件修改为与示例格式一致
#示例数据介绍

#分析
apt install diamond-aligner
#先合并两个蛋白质序列
#进行 BLAST 序列比对，蛋白序列比对可利用 diamond 代替。
diamond makedb --in all.pep.fasta --db pep
diamond blastp --db pep -q all.pep.fasta -o mcscan.blast --ultra-sensitive --max-target-seqs 20 -p 30 -e 0.001
#输出 mcscan.blast 用于后续分析
#整理GFF文件
cat At_gongxianxing_gff.csv Tg_gongxianxing_gff.csv > mcscan.gff
#运行
./MCScanX /home/SBT_gene_family/mcscan
#注意blast和gff的前缀名要一致
#查看collin的文件，发现没有基因
#检查文件发现，只使用的是SBT基因家族的蛋白质序列

于是，使用香榧全部蛋白质序列

diamond makedb --in TgSBT.pep.new.fasta --db pep
#放宽阈值 -e 0.1
diamond blastp --db pep -q TgSBT.pep.new.fasta -o speice1.blast --ultra-sensitive --max-target-seqs 50 -p 30 -e 0.1
./MCScanX /home/SBT_gene_family/speice1
#这下有结果了
#绘制圈图
java circle_plotter -g /home/SBT_gene_family/speice1.gff -s /home/SBT_gene_family/speice1.collinearity -c /home/SBT_gene_family/speice1.circle.ctl -o /home/SBT_gene_family/speice1.circle.png