使用mxscan软件以及在线网站呈现的是物种间所有基因的共线性。
利用tbtools软件可以呈现基因家族的共线性。
参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/f47R6CLrhBfLseiAgx6Ziw
https://mp.weixin.qq.com/s/2pHCSFW1Y7lFoUddVWYlDQ
染色体长度信息
输入基因组文件
提取结果的的第一列和第二列结果。第一列表示玉米有10对染色体，第二列表示染色体的长度。
基因关联信息文件
使用的是MCScan跑出来的结果文件
.gff .collinearity
输入.collinearity文件，修改为collinear
生成基因关联文件
输入genepair MCScan的gff文件
得到的是物种间的基因关联文件，接下来我们看一下SBT基因之间是否存在共线性。
得到的结果
留下只有SBT基因的关联
合并基因关联文件和基因家族关联文件
只选择两边都是SBT基因的
基因在染色体上的位置
输入SBT基因成员的ID
会出现下面信息，我们选择第二列点击Selected Done。最后点击start，就会得到ARF基因在染色体上的位置信息。
共线性作图
修改图片，基因会与染色体重叠，修改feture label