1. 定义

双边检验（two-tailed test）：检测两个样本之间是否有差异，不管谁大谁小。更常用、更保守，用于你不知道或不关心方向时

单边检验（one-tailed test）：检测某一方向上的差异，比如是否增加或是否减少。更敏感（因为显著性阈值集中在一侧），但需有明确方向假设。

1. R语言中的参数

单边检验

alternative = "greater"    假设组2 > 组1（OE > CK）
alternative = "less"    假设组2 < 组1（OE < CK）

双边检验

alternative = "two.sided"    双边检验（默认）

1. 比较

ggplot(df, aes(x = Group, y = Value, fill = Group)) +
  geom_boxplot(width = 0.5, outlier.shape = 21, outlier.fill = "red") +
  geom_jitter(width = 0.1, size = 2, alpha = 0.7) +
  stat_compare_means(
    method = "t.test",
    label = "p.signif",
    comparisons = list(
      c("12501_CK_1", "12501_OE_1"),
      c("12501_CK_2", "12501_OE_2"),
      c("12501_CK_3", "12501_OE_3")
    ),
    alternative = "greater"  # 单边检验（OE > CK）
  ) +
  labs(title = "qPCR Expression Analysis",
       x = "Group",
       y = expression(2^{-Delta*Delta*Ct})) +
  theme_classic() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1)
  )

原文链接：单边检验和双边检验