https://www.kdocs.cn/l/cpKPKwiNSXVn
WGDI（全基因组重复识别），一种基于 Python 的命令行工具，能够分析全基因组复制事件，识别同源区块，画共线性点阵图，求ka、ks值等。
研究者开发了一种基于动态规划算法的共线性提取，与MCScanX和JCVI比较分析发现，WGDI保留了更多同源基因对，以鉴定更长、更多的共线性区块。
研究意义：可让研究人员深入了解递归多倍化并进行跨物种基因组比对分析，也能够提高全基因组重复的检测精准度和速度，展示基于基因组数据的核型动态演化过程。
WGDI特别适用于识别频繁的多倍化事件（如基于高质量染色体水平的基因组）。WGDI验证多倍化事件可以采用共线性深度、Ks峰值和系统发育树三种方式。并且在建立系统发育树时，可以提取和采用与特定进化事件相关联的所有共线性同源基因，有助于确定受递归多倍化影响的系统发育实际历史。也可以提取完整的共线性区块，以重建现存物种祖先染色体核型。核型演化对于评估有争议谱系的系统发育位置、演化历史（包括杂交等）和推断灭绝物种的基因组结构十分重要。
祖先染色体核型演化示例：
https://github.com/SunPengChuan/wgdiexample/blob/main/Karyotype_Evolution.md
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WGDI: A user-friendly toolkit for evolutionary analyses of whole-genome duplications and ancestral karyotypes
功能演示视频：