Previously on my running BUSCO with
- 使用busco6.0.0,和数据库embryophyta_odb12,正常跑完了hap1和hap2(500mb大小)的基因组,但是在跑p_ctg.fa的时候出现下面的报错信息
- 按照GPT的分析,这里是java的内存什么什么的超出限制,后面,查阅busco官网的问题库后,找到了相同的情况:https://gitlab.com/ezlab/busco/-/issues/821

解决方案
- 两步骤,很简单;第一步是更改stats.sh中某个参数大小,应该是限制上面报错中出现的内存大小
- 我是用conda下载的busco,用which stats.sh就能够找到这个脚本的位置
which stats.sh
- 更改这个脚本,具体是这一行内容:z="-Xmx32g",原先是z="-Xmx120m",把它调大更改成32g就可以了;按照情况和配置,如果遇到相同的问题也可以继续往大了调
- 第二步,重新下载bbmap(因为提出问题解决方案的人也使用conda下载busco:v6.0.0.0,所以这个bbmap也是用conda下载安装,算是升级吧)
- 不过,我个人认为上方大小限制调整之后应该就没问题了
conda install -c bioconda bbmap
- 调整完上述内容后就可以正常运行busco了