运行流程

参考：https://github.com/marbl/merqury

1. 参考图

meryl k=22 count output Male.CCS.meryl TG_male_hifi.fq
merqury.sh Male.CCS.meryl Male.hap1.fa Male.hap2.fa Male.CCS_QV

1. 构建k-mer数据库

nohup meryl k=22 count output Male.CCS.meryl /home/server/TG_male_hifi.fq &

nohup meryl k=22 count output Female.CCS.meryl /home/server/TG_female_40X.hifi.fq &

1. 运行QV评估

nohup merqury.sh \
  Male.CCS.meryl \
  male_haplotype/TG_male.hap1.FINAL.fa \
  male_haplotype/TG_male.hap2.FINAL.fa \
  Male.CCS_QV \
  &

nohup merqury.sh \
  Female.CCS.meryl \
  female_haplotype/female_hap1_chr.fasta \
  female_haplotype/female_hap2_chr.fasta \
  Female.CCS_QV \
  &

1. 输出文件