一、基因结构
准备基因ID和gff文件
cdd网站:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi
Welcome to NCBI Batch CD-search
上传pep文件,填写文件名以及邮箱,点击submit
下载结果,用excel打开,保留4列
tbtools-sequence-fasta tools-fasta stats
输入pep.fasta文件,输出基因长度文件,保留simple id和length
tbtools-graphics-bio sequence structure- basic biosequence view
输入基因长度文件和CDD文件,点击start,出现图
利用mega构建进化树muscle比对,构建NJ进化树,保存nwk文件。
添加cdd结果
