By Tingting, 31 October, 2025
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一、基因结构

准备基因ID和gff文件

二、motif

准备蛋白质文件,输出结果后,得到meme.xml文件,同于作图

三、保守结构域

cdd网站:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

Welcome to NCBI Batch CD-search

上传pep文件,填写文件名以及邮箱,点击submit

下载结果,用excel打开,保留4列

tbtools-sequence-fasta tools-fasta stats

输入pep.fasta文件,输出基因长度文件,保留simple id和length

tbtools-graphics-bio sequence structure- basic biosequence view

输入基因长度文件和CDD文件,点击start,出现图

四、组合基因结构、motif和保守结构域

利用mega构建进化树muscle比对,构建NJ进化树,保存nwk文件。

添加cdd结果

出现结果如下