By wuzhenzhen, 31 October, 2025
  • 重测序项目样本都非常多,此处只演示一个样本,实际操作中可以使用for循环处理。一般样本送测序后下机数据的文件名都会比较长,最好先更改一下文件名,方便后续处理。 
  • 使用fastp进行数据过滤。
  • 具体操作:

    # fastp -i sample1_1.fastq.gz -o sample1_1.filter.fq.gz -I sample1_2.fastq.gz -O sample1_2.filter.fq.gz -q 20 -u 40 -l 50
    #实操:
    fastp -i /home/Rmolle_calllsnp_work/250rawdata/QXG-1/QXG-1_R1.fq.gz -o QXG-1_R1.filter.fq.gz -I /home/Rmolle_calllsnp_work/250rawdata/QXG-1/QXG-1_R2.fq.gz -O QXG-1_R2.filter.fq.gz -q 20 -u 40 -l 50
  • 结果: