- 重测序项目样本都非常多,此处只演示一个样本,实际操作中可以使用for循环处理。一般样本送测序后下机数据的文件名都会比较长,最好先更改一下文件名,方便后续处理。
- 使用fastp进行数据过滤。
具体操作:
# fastp -i sample1_1.fastq.gz -o sample1_1.filter.fq.gz -I sample1_2.fastq.gz -O sample1_2.filter.fq.gz -q 20 -u 40 -l 50 #实操: fastp -i /home/Rmolle_calllsnp_work/250rawdata/QXG-1/QXG-1_R1.fq.gz -o QXG-1_R1.filter.fq.gz -I /home/Rmolle_calllsnp_work/250rawdata/QXG-1/QXG-1_R2.fq.gz -O QXG-1_R2.filter.fq.gz -q 20 -u 40 -l 50结果:

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