使用2-pass模式进行转录组比对，更加准确

使用STAR软件速度还算可以，比较推荐

#创建STAR环境，建立索引
conda create -n STAR
conda activate STAR
#下载STAR
conda install -c bioconda star
#版本为2.7.1b
#构建参考基因组
STAR --runThreadN 10\
     --runMode genomeGenerate \
     --genomeDir /home/Tg_genome/rna_star/Tg_star \
     --genomeFastaFiles /home/Tg_genome/Tgradis.fa \
     --sjdbGTFfile /home/Tg_genome/Tgrandis.gff \
     --sjdbOverhang 149 \
     --limitGenomeGenerateRAM 52215589813
参数解释：
--runThreadN：线程数为10
--runMode：genomeGenerate，构建基因组索引；
--genomeDir：指定索引生成目录；
--genomeFastaFiles：指定参考基因组；
--sjdbGTFfile：指定参考基因组的注释文件；
--sjdbOverhang：这个是reads长度的最大值减1，默认是100，我不是很理解很多人分析的学习方法中都设置100，二代测序都是150bp的序列长度，我设置了149
--limitGenomeGenerateRAM：设置最大内存

第一次比对

#常规比对
STAR --runThreadN 5 --genomeDir /home/Tg_genome/rna_star/Tg_star  --readFilesIn Y40606-5_R1_clean.fq.gz Y40606-5_R2_clean.fq.gz --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix ./starmap.bam/Y40606-5

--readFilesIn ：paired reads文件
--outSAMtype ：表示输出默认排序的bam文件，类似于samtools sort（还有--outSAMtype BAM Unsorted和--outSAMtype BAM Unsorted SortedByCoordinate）
--outFileNamePrefix ：输出文件路径即前缀
--readFilesCommand gunzip -c :表示是 STAR 软件的一个参数，其功能是指定用于读取输入文件的外部命令。当输入的测序数据文件是经过压缩处理的时候，就需要借助这个参数来调用合适的解压程序，从而正确读取数据。在读取这两个文件时，先使用 gunzip -c 命令对文件进行解压，然后从标准输出流获取解压后的数据进行后续处理。

STAR --runThreadN 10 --runMode genomeGenerate --genomeDir /home/Tg_genome/rna_star/index --genomeFastaFiles /home/Tg_genome/Tgradis.fa --sjdbGTFfile /home/Tg_genome/Tgrandis.gff --sjdbFileChrStartEnd /home/184_Tg_RNA/142samples_Tg_rna/BC2025090783-BGI-RNA-115samples/rawdata/starmap.bam/*.out.tab --sjdbOverhang 149 --limitGenomeGenerateRAM 52215589813 --limitSjdbInsertNsj 1091511

STAR --runThreadN 5 --genomeDir /home/Tg_genome/rna_star/index --readFilesIn Y40606-5_R1_clean.fq.gz Y40606-5_R2_clean.fq.gz --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix ./starmap.bam/2_pass/Y40606-5
#如果样本量较多，可以写脚本运行