一、fastp过滤文件

#创建环境
conda create -n fastp-env
conda activate fastp-env
# 安装fastp
conda install -c bioconda fastp
#过滤，使用默认参数
/home/147_Tg_reseq/BC2025090791-BGI-DNA-21samples/rawdata/G30308-1# fastp -i G30308-1_R1.fq.gz -o G30308-1_R1_clean.fq.gz -I G30308-1_R2.fq.gz -O  G30308-1_R2_clean.fq.gz

二、bwa-mem2建立索引

#创建环境
conda create -n bwa-mem2-env
conda activate bwa-mem2-env
#下载bwa-mem2
conda install -c bioconda bwa-mem
#下载tmux软件，放在tmux中
apt-get install tmux
tmux new-session -s 1
bwa-mem2 index Tgradis.fa 
#开始bwa,一般第二天会生成5个文件

三、bwa-mem2进行比对

#启动环境
conda activate bwa-mem2-env
#下载samtools
conda install -c bioconda samtools
samtools faidx Tgradis.fa
#比对，并利用samtools将sam文件转为bam文件
bwa-mem2 mem -R '@RG\tID:G10401CK1\tLB:G10401CK1\tSM:G10401CK1\tPL:ILLUMINA' -t 5 /home/Tg_genome/Tgradis.fa G10401CK1_R1_clean.fq.gz G10401CK1_R2_clean.fq.gz |samtools view -Sb - > G10401CK1.bam

注：

sam文件比较大，建议可以使用这个命令，转为bam文件。

可以使用脚本来进行。

bwa耗时较长，线程可以设置小一点，一次跑多个样本数。