# 比对结果统计

在利用bwa mapping获得bam文件后，可以利用samtools对比对的结果进行统计。

# 统计每个样本的整体比对率(primary mapped)和双末端比对(properly paired)
samtools flagstat sample.bam 

# 统计每个样本的覆盖情况（coverage）和平均测序深度（meandepth）
samtools coverage sample.bam 
# 但要注意的是 coverage 参数在低版本的里面是没有的（如1.6），需要使用较新的版本的samtools，如1.21。

# 比对时候的注意事项

• 在核基因组的SNP分析中，如果参考基因组里面组装了叶绿体基因组，则会影响最后比对结果的统计。
• 首先，叶绿体基因组通常没有重复序列且基因密度高，reads比对到叶绿体的成功率很高，会虚高整体比对率。
• 其次，叶绿体的超高深度会严重拉高平均深度。
• 因此，在比对的时候，最好先将染色体序列单独提取出来，进行比对。