# 生成单个样本的gVCF文件

# HaplotypeCaller最多可以设置4个线程，由于Java限制再增加也没有用 
gatk --java-options "-Xmx10g -XX:ParallelGCThreads=4" HaplotypeCaller -R genome.fasta -I sample1.pe.sort.markdup.bam -ERC GVCF -O sample1.g.vcf.gz

# 利用gatk生成每个样本的gVCF文件时，报错

• 具体的报错信息：

  03:26:02.151 INFO  HaplotypeCaller - Requester pays: disabled
  03:26:02.151 INFO  HaplotypeCaller - Initializing engine
  03:26:02.154 INFO  HaplotypeCaller - Shutting down engine
  [September 16, 2025 at 3:26:02 AM UTC] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCaller done. Elapsed time: 0.01 minutes.
  Runtime.totalMemory()=335544320
  ***********************************************************************
  
  A USER ERROR has occurred: Fasta index file file:///home/Rmolle_calllsnp_work/Rmolle_genome_GCA025413875/Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.fasta.fai for reference file:///home/Rmolle_calllsnp_work/Rmolle_genome_GCA025413875/Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.fasta does not exist. Please see http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1601/how-can-i-prepare-a-fasta-file-to-use-as-reference for help creating it.
  
  ***********************************************************************
  Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace.

• GATK 运行需要参考基因组文件（FASTA）的配套索引文件 .fai和 .dict。当前报错表明 .fai文件缺失。

  # 首先，检查文件所在的文件夹以及名称，将文件都移动至基因组文件的文件夹：
  (base) root@961a4377e759:/home/Rmolle_calllsnp_work/Rmolle_results/bam_sort_bygatk# cp Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.dict ../../Rmolle_genome_GCA025413875/
  # 其次，检查文件命名，将后缀为.fna改为.fasta（fna后缀不识别）：
  (base) root@961a4377e759:/home/Rmolle_calllsnp_work/Rmolle_genome_GCA025413875# cp Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.fna.fai Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.fasta.fai
  # 再次运行，成功！