镜像

ngenomesyn_mark

1. 用途：全基因组比对工具（NGenomeSyn），以及相关文件，用于调整染色体方向而创建的镜像
   1. https://www.kdocs.cn/l/ciBxZ2Zx6Z5p
2. 包含工具
   1. GitHub - hewm2008/NGenomeSyn: Any Way to Show Multi genomic Synteny

miniconda
samtools
seqkit
mummer-4.0.1
NGenomeSyn

1. 路径

/data2/liyupeng/images/ngenomesyn_mark.tar

1. 制作流程
   1. 这里缺了主要工具ngenomesyn的下载安装（GitHub - hewm2008/NGenomeSyn: Any Way to Show Multi genomic Synteny）

conda update conda
conda install samtools seqkit -y #之后重新压缩一次


sudo apt-get update
sudo apt-get install csh

wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.1/mummer-4.0.1.tar.gz
tar -xzvf mummer-4.0.1.tar.gz
./configure --prefix=/root/miniconda3/envs/ngenomesyn/softs/mummer-4.0.1
make

#增加内容：把软件包里面的脚本权限调到最大，
sudo apt-get install imagemagick #svg转png图用的

condabag

homology

1. 用途：同源蛋白注释，将其他物种的蛋白序列比对到目标基因组上，获取用于支持最终基因模型的蛋白序列证据
2. 包含工具

blast
seqkit
genomethreader
miniprot
gemoma

1. 路径

/data2/liyupeng/alice/conda_bag/homology_env.tar.gz

1. 制作

conda create -n homology -y
conda activate homology

conda install -c bioconda blast -y
conda install -c bioconda seqkit -y
conda install genomethreader -y
conda install -c bioconda miniprot -y
conda install gemoma -y