【金山文档 | WPS云文档】 当你需要计算蛋白氨基酸多态性值，在本地需要怎么做？
https://www.kdocs.cn/l/cuqYErn0xrh9
当你恰好有同源蛋白质氨基酸序列文件（xxx.pep）,又恰好需要计算这些序列的多态性值进行比对分析，在本地你需要怎么做？
本次处理需要用到的软件是MEGA12。
一、首先得先用MEGA对文件进行序列比对
1.打开 MEGA 软件。
2.点击菜单：
Align → Edit/Build Alignment → Create a New Alignment → OK→选择Protein
（因为我们这里处理的是蛋白文件）。
3.点击 Edit → Insert Sequences from File...，导入FASTA 文件。
4.在进行比对前先删除空白行（创建比对的时候就是会自带一行叫“Sequence 1”）
5.所有序列导入后，点击菜单：Alignment → Align by MUSCLE→问你要不要选择全部序列，就OK→所有参数默认，点OK。
6.等待比对完成，然后点击Data → Export Alignment → MEGA format→保存为一个 .meg 文件。
7.会让你设置一个Title，没啥必要直接x掉。
二、计算蛋白多态性值
1.上一个步骤保存好文件就关掉，回到MEGA软件首页
2.Analysis → Distance → Compute Overall Mean Distance
3.参数设置
model/method → p-distance
Variance Estimation Method → 若只关心多态性值，选None即可；若想要误差，选Bootstrap method,这里我选择None
Gaps/Missing Data → Pairwise deletion
4.计算出值截图保存，并记录在表格中