01 使用CombineGVCFs合并所有样本的gVCF文件

分染色体合并：

# 1.查看羊踯躅中的染色体名称，然后单独对每天染色体进行操作：
grep "^>" Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.fasta | sed 's/^>//' | awk '{print $1}'

# 2.提取gvcf文件的名称及绝对路径：
## 获取gvcf_list.txt文件
find . -type f -name "*.g.vcf.gz" -exec realpath {} \; > gvcf_list.txt

# 3.按照单条染色体合并gVCF文件（以chr12为例）
nohup ./run_6_gvcf_combinded-chr12.sh > log_6_chr12.log 2>&1 &
## 脚本内容：
INPUT_DIR="/home/Raw_data_20250821/Rmolle_callsnp_work/Rmolle_all_results/4gvcf_file_bygatk"
	REF="/home/Raw_data_20250821/Rmolle_callsnp_work/Rmolle_genome_GCA025413875/Rmolle_genomic_GCA_025413875.1.fasta"
	OUTPUT_DIR="/home/Raw_data_20250821/Rmolle_callsnp_work/Rmolle_all_results/5gVCF_combinded"
	GATK="/home/software/gatk/gatk-4.1.8.1/gatk"
	
	"${GATK}" --java-options "-Xmx60g" CombineGVCFs \
	    -R "${REF}" \
	    $(for i in  `tail -n +1 ${INPUT_DIR}/gvcf_list.txt| cut -f 1 `; do echo "--variant ${i} " ;done) \
	    -L CM046399.1\
	    -O "${OUTPUT_DIR}/Combined.12.399.g.vcf.gz"

02 使用GenotypeGVCFs进行变异鉴定

gatk --java-options "-Xmx40g" GenotypeGVCFs \
-R genome.fasta \
-V Combined.1.g.vcf.gz \
-L 1 \#染色体名称
--output raw.chr1.vcf.gz \
--tmp-dir ./tmp

03 将SNP和InDel变异分开

将SNP和InDel变异分开。后续分析主要使用SNP信息。

gatk --java-options "-Xmx10g" SelectVariants -R genome.fasta --outputSNP.raw.chr1.vcf.gz--variant raw.chr1.vcf.gz --select-type-to-include SNP

gatk --java-options "-Xmx10g" SelectVariants -R genome.fasta --output indel.raw.chr1.vcf.gz --variant raw.chr1.vcf.gz --select-type-to-include INDEL