杜鹃基因组组装（1）

By liyupeng, 31 January, 2026

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conda create -n hifiasm -y
codna activate hifiasm
conda install hifiasm -y

conda install purge_haplotigs -y
onda install -c bioconda bwa -y
conda install samblaster -y
conda install quast -y 

git clone https://github.com/zengxiaofei/HapHiC.git 
#conda安装haphic的依赖
conda env create -f HapHiC/conda_env/environment_py310.yml 

conda env update --file environment_py310.yml
根据yml文件，更新当前环境下的软件；#最后似乎只安装了pip部分内容

sudo apt-get update
sudo apt-get install libgomp1

把 BAM/CRAM 格式的比对或原始读段文件，转成 FASTQ 格，然后压缩成fq.gz格式
1. 这里因为拿到的一部分数据是bam文件，所以要转换一下

samtools fastq -@ 10 m84128_250707_092804_s4.hifi_reads.bc2035.bam | gzip > m84128_s4.fq.gz

nohup samtools fastq -@ 10 m84288_250701_093750_s1.hifi_reads.bc2035.bam | gzip > m84288_s1.fq.gz &

hifiasm组装
1. o：输出文件的前缀名
2. hom-cov（可选）：
  1. 估计单倍型覆盖度（homozygous coverage）
  2. Hifiasm 用它来区分 单倍区 和 杂合区，帮助分相
  3. 通常根据 HiFi reads 的平均深度 估算
3. h1：Hi-C 数据第一条链（R1），用于辅助组装，提高染色体级组装准确性
4. h2：Hi-C 数据第2条链（R2）
5. u1：额外未分相的长读数据（ONT reads），用于增强组装连续性
6. KNX.CCS.FQ：主要的 PacBio HiFi reads，Hifiasm 的核心组装输入
7. 输出重定向
  1. 把标准输出写入 knv_ASM_THIRD.LOG
  2. 2>&1：把标准错误也重定向到同一个日志文件
  3. 整个组装过程的所有信息都会保存到 knv_ASM_THIRD.LOG，方便检查

nohup hifiasm -o pulchrum_asm_third -t 40 \
  --h1 R.pulchrum_planch_Z429-H10-1_good_1.fq.gz \
  --h2 R.pulchrum_planch_Z429-H10-1_good_2.fq.gz \
  leaf8.ccs.fasta.gz \
  m84128_s4.fq.gz \
  m84288_s1.fq.gz \
  > pulchrum_asm_third.log 2>&1 &

quast评估基因组质量
1. 命令行

nohup quast \
    pulchrum_asm_third.hic.hap1.p_ctg.fa \
    pulchrum_asm_third.hic.hap2.p_ctg.fa \
    pulchrum_asm_third.hic.p_ctg.fa \
    pulchrum_asm_third.hic.p_utg.fa \
    -o quast -m 0 -t 30 &

评估表内容；记录了一些序列长度、数量还有N50等常见的组装结果信息

BUSCO评估（看基因组组装完整性）
1. 需要评估的三个文件（初步组装的结果）

pulchrum_asm_third.hic.p_ctg.fa

pulchrum_asm_third.hic.hap2.p_ctg.fa

pulchrum_asm_third.hic.hap1.p_ctg.fa

参数
1. m，基因组模式
2. offline，不从官网上下载数据库
3. augustus，用augustus来预测基因，应该通过基因组自身结构来预测基因，弥补这部分基因的缺少，提升完整性的评估结果的准确性
4. f，运行结束后生成一个html报告
评估命令行

nohup busco -i pulchrum_asm_third.hic.hap1.p_ctg.fa \
  -c 20 \
  -m geno \
  --out pulchrum_hap1 \
  -l /home/server/database/busco_database/embryophyta_odb12 \
  --offline \
  -f &

绘图命令行

busco --plot_percentages --plot busco

busco结果