【金山文档 | WPS云文档】 当你需要安装分子对接软件，并对受体和配体进行前处理，在本地该怎么做？
https://www.kdocs.cn/l/ck3pWyZVxBPI
进行分子对接我们一般用到AutoDock系列软件和PyMOL。
其中，AutoDock系列主要有：AutoDock4、AutoDock Vina和AutoDockTools。
AutoDock4是第一代分子对接计算引擎，AutoDock Vina是其升级版，因此本文主要以AutoDock Vina为案例进行分享。
而AutoDockTools（ADT）是图形化界面工具，是对分子进行前处理和后期分析必不可少的工具。较早的ADT版本中没有集成Python，需要自己手动安装Python包，最新版中已经解决了这个问题，因此下载安装时建议直接考虑最新版。
一、AutoDock Vina下载安装：
进入AutoDock Vina官网https://vina.scripps.edu/
请注意，官网仅提供旧版本的包，所以直接从红框内链接跳转GitHub页，在releases页找到你需要的对应的最新版本，我这里下载win版本的Vina和Vina split，Vina负责分子对接计算，Vina split负责对接后拆分多构象 pdbqt文件。
注意：AutoDock官网和GitHub均会时不时抽风，自备梯子
下载的是exe可执行文件，浏览器下载时需要自己手动选择保存
下好的两个文件备用，后面设置会用到。
二、AutoDockTools安装
进入AutoDockTools官网https://ccsb.scripps.edu/mgltools/
download-选择最新版本和对应的系统下载，安装时手动选择安装路径
注意：安装路径要全英文，以避免各种奇怪报错。
三、AutoDockTools设置
打开AutoDockTools安装路径，找到安装路径文件夹中的adt.bat批处理文件，将这个文件和之前下载的Vina两个可执行文件粘贴到同一个文件夹内，这个文件夹也要求全英文路径，并且这个文件夹将作为以后使用软件的执行文件夹，将你要处理的大分子和小分子文件都提前拷贝到此。
打开ADT，File-Preference-Set-Startup Directory，将你创建的文件夹路径拷贝到此处，点击set
四、PyMOL安装
在进行分子预处理时，ADT会有奇怪报错找不到原因，这个时候可以用到PyMOL进行处理，可以做到，另外处理后的结果可以用PyMOL更好的出图，是我们进行分子对接必不可少的软件。
进入PyMOL官网https://pymol.org/
下载系统对应的版本，然后安装，这里仍然建议全英文路径。
安装完成后打开会要求你激活，我们可以申请教育版，在Buy PyMOL中选择Student/Teacher，填写下个人信息并使用你的教育邮箱，可以收到激活文件，然后在Browse for License File选择下载好的激活文件。
五、对受体进行预处理
将待处理PDB文件拷到执行文件夹内，打开ADT，File-Read Molecule-选择PDB文件
Edit-Delete Water去水
Edit-Hydrogens-add加氢
特别注意：如果你点击add后窗口没反应，命令行不报错，后台也没有高占用程序，意味着你跟我一样碰到了非常刁钻但又低级的bug！
简而言之，加氢这一步是会弹出选项框的，但是可能软件对高分屏幕？或者双屏？或者其他因素适配有问题，它弹出的弹窗在你的屏幕之外，你看不到也选不了，导致了上述的假卡死状态。
你应该：保持在ADT窗口内，点击win+space（选中了最上层的窗口），然后点击M（移动），再点击方向键比如←（锁死窗口），然后移动鼠标，这个屏幕外的窗口就随着你鼠标移动了，bug解决！
这里加氢一定要加全氢（All Hydrogens），而非仅极性氢（Polar Only）
然后Grid-Macromolecule-Choose-Select Molecule，选择这个受体，保存为pdbqt文件