【金山文档 | WPS云文档】 当你需要预测植物启动子-顺式作用元件并进行可视化,在本地该怎么做?
https://www.kdocs.cn/l/ckbP54JQ9Zia
当你按照之前的文档进行了启动子序列的提取,恰好需要对启动子进行顺式作用元件预测,并进行可视化制图,在本地你需要怎么做?
一、首先进入PlantCARE, a database of plant promoters and their cis-acting regulatory elements
Menu-Search for CARE
输入接收结果文件的邮箱,上传仅限序列文本文件,不大于100kb,大概不超过50个序列就可以。
二、得到比对后的html文件
比对结果自带正负链补齐,找到的motif在文件最下方。此外也有.tab文件作为整合。
三、整理各个序列的motif
根据功能和来源进行排列。本案例主要关注TG5g00973和TG5g00981的特有motif、转录因子结合元件和激素响应元件。通过文献查询和AI来明确不同motif的功能。
四、使用PS进行制图
图片包括正负链区分、基因名称、motif名称、motif位点、motif具体序列和比例尺。