By liyupeng, 2 January, 2024
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1.软件包的相关命令

	conda search software寻找软件
	conda install software安装软件(默认最新版本)
	conda install software=version 安装制定版本软件
        conda install --yes software 安装软件时默认yes
	conda list 查看安装的软件
	conda update software 更新软件
	conda remove software 卸载软件
	conda uninstall software 删除软件
	codna info software(=version)查看包的依赖信息(指定版本)

2.环境创建,更改和删除等

环境创建,创建适合不同软件,版本以及兼容性冲突的环境,切换到不同环境下运行对应软件

	conda env list查看环境
	conda activate切换到base(默认)环境
	conda activate environment-name 切换到指定环境
		source activate repeatmodeler激活环境(切换环境)
	conda deactivate 退出环境
	conda init bash 初始 software 更改安装命令前端
	source .bashrc 初始化后步骤
	conda env remove -p 虚拟环境路径——删除虚拟环境
	conda create -n environment-name 创建环境

3.conda加速

	conda install mamba加速用软件
		mamba(conda) install software 更改安装命令前端

4.conda软件命令

	conda info 查看conda版本信息
	conda update conda 更新conda
	conda update -n base -c defaults conda大概是更新到conda最新版本
	conda update --all更新所有软件包

5.源(channels)相关命令

        conda config --add channels r
	conda config --add channels conda-forge
        conda config --add channels defaults	
	conda config --add channels bioconda

 

国内镜像源

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --get channels查看源
conda config --show channels查看源
conda config --remove-key channels删除并恢复默认源

6.其他命令

	conda index path 将path目录下的包序列化到conda中
	conda build path 将path目录下的文件,通过build脚本构建软件包