1.软件包的相关命令
conda search software寻找软件
conda install software安装软件(默认最新版本)
conda install software=version 安装制定版本软件
conda install --yes software 安装软件时默认yes
conda list 查看安装的软件
conda update software 更新软件
conda remove software 卸载软件
conda uninstall software 删除软件
codna info software(=version)查看包的依赖信息(指定版本)
2.环境创建,更改和删除等
环境创建,创建适合不同软件,版本以及兼容性冲突的环境,切换到不同环境下运行对应软件
conda env list查看环境
conda activate切换到base(默认)环境
conda activate environment-name 切换到指定环境
source activate repeatmodeler激活环境(切换环境)
conda deactivate 退出环境
conda init bash 初始 software 更改安装命令前端
source .bashrc 初始化后步骤
conda env remove -p 虚拟环境路径——删除虚拟环境
conda create -n environment-name 创建环境
3.conda加速
conda install mamba加速用软件
mamba(conda) install software 更改安装命令前端
4.conda软件命令
conda info 查看conda版本信息
conda update conda 更新conda
conda update -n base -c defaults conda大概是更新到conda最新版本
conda update --all更新所有软件包
5.源(channels)相关命令
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
国内镜像源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --get channels查看源
conda config --show channels查看源
conda config --remove-key channels删除并恢复默认源
6.其他命令
conda index path 将path目录下的包序列化到conda中
conda build path 将path目录下的文件,通过build脚本构建软件包