根据论坛帖子下载好AutoDockTools和AutoDock Vina并设置好工作目录后，将目标蛋白受体和小分子配体结构文件放入工作目录。

工作流程基于AutoDockTools 1.5.7版本，实测可以正确打开并处理cif格式蛋白结构文件（Alphafould3预测出的结果文件都是cif格式）。

受体处理：

file-read molecule-你的蛋白受体（打开蛋白文件）

Edit-delete water（alphafould3预测出的蛋白文件一般不含水，但是这个步骤仍可以进行以防万一）

Edit-hydrogens-add-OK（all hydrogens，Method选择noBondOrder减少报错）

Grid-macromolecule-choose-当前文件-select molecule-确定-保存成了一个pdbqt文件

这里理论上可以直接删除当前文件，再导入小分子进行配体处理，但是我一delete就报错，所以改成重启ADT。

配体处理：

导入文件后同上一步加氢

Ligand-input-choose-当前文件-select（选为配体）

Ligand-Torsion Tree-detect root（检测扭转中心，3D图像中出现中心点）

Ligand-Torsion Tree-choose Torsions-done

Ligand-output-save as PDBQT

3D图像中绿色代表可旋转键、红色代表不可旋转键；红框内表明总共32根键中，11个键可以旋转

设置对接参数：

grid-macromolecule-open-之前保存的受体pbtqt文件

grid-set map types-open ligand-之前保存的配体pbtqt文件

grid-grid box-调节box大小至完全覆盖受体

（number调整长宽高，spacing调整整体体积，center调整box中心点;要把配体给拉出来，如右图点击1，选中2的配体，取消勾选3，右键在3D演示中拖拽出来，再把3勾选回去。）

grid option-file-close saving current

设置vina参数：

docking-output-vina config-设置好后save

（确保receptor是你的受体文件，ligand是你的配体文件，可以browse手动选择）

out是你的输出文件的id，output filename输出的是对接配置文档的id，modes是对接次数

运行：

run-run autodock vina-第二行选择刚刚生成的txt-launch

（出来一个小框不用管，等小框消失代表运行完毕）

运行完毕后ADT自带的命令行会有运行结果，可以截图保存，结果文件在运行目录中。

再次删除所有文件或重启软件

analyze-dockings-open autodock vina result-ok

(运行9次有9个构象，按键盘方向键切换构象和对应结合能)

analyze-macromolecule-open-受体pdbqt

（此时再按方向键切换，配体会改变构象，并改变结合位点）

analyze-dockings-show interactions

（这一步非常有可能报错，尤其是一路按顺序做下来的情况，原因是内存溢出。解决思路是先重启软件，把后台的python还有其他进程都杀一杀，再重试；还报错就重启电脑直接开ADT进入这一步；如果还不行就尝试vina_split拆分构象单独分析，或者考虑一下增加windows虚拟内存设置或给电脑换两根大点的内存条）

在show interactions中，勾选红框内的选项，检测有无π-π相互作用和π-阳离子相互作用

display lables on residues——在参与互相作用的残基上显示名称和编号

列出了受体和配体之间形成的氢键，可以调整是否显示