首先在ADT中完成分子对接计算之后，将大分子和小分子作为一个整体导出为一个文件，然后导入到Pymol中。

首先绘制大分子小分子整体示意图：

分别选中小分子和大分子，并在右侧栏目中重命名，方便后续进行不同的操作：

将鼠标模式切换为Chain，这样选中的就是整个连续的链，rename，给大分子切换颜色

右侧S——show——surface，会给出蛋白表面模型

在lighting settings里设置明暗阴影等参数

最后右上角draw渲染，一般300dpi，ray，保存到图片文件

绘制结合位点图：

关闭蛋白表面模型，setting中cartoon透明度80%

将和小分子形成相互作用的残基全部显示为棍式模型

将大分子蛋白显示为线性模型

根据黄色作用力链接的位置，将相关的氨基酸残基一一选中（此处容易误点，可以来回转动模型，小心一点处理）

将选中的氨基酸作为一个组，重命名以便区分，显示为棍式模型，显示名称，显示作用距离，setting中调整字号大小。更改鼠标模式并按着ctrl，可以拖动文字到合适的位置

同上一步渲染出图

当显示相互作用出现太多黄线时，可以仅保留距离更近的黄线，以做到筛选的效果

分子对接显示分子间作用键：

dist hbonds, 配体id, 受体id, mode=2, cutoff=3.2（仅保留距离小于3.2的）