1 Gfold软件

网址：https://zhanglab.tongji.edu.cn/softwares/GFOLD/index.html

该软件由同济大学开发，网站往下拉可以看到该软件的几个功能，其中Example3为鉴定无重复的数据的差异基因。另外，这个软件不支持Windows 版本，是基于linux的一个安装软件，所以我们需要在linux环境下使用

2 NOISeq R包

参考文献：

Sonia Tarazona, Pedro Furió-Tarí, David Turrà, Antonio Di Pietro, María José Nueda, Alberto Ferrer, Ana Conesa, Data quality aware analysis of differential expression in RNA-seq with NOISeq R/Bioc package, Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue 21, 2 December 2015, Page e140, https://doi.org/10.1093/nar/gkv711

通过计算两组样本间的倍数变化（M）与绝对表达量差异（D）的分布，并与噪声分布（通过随机置换或技术重复模拟）进行比较，得出差异概率。

3 根据Fold Change直接筛选

直接比较两个样本的TPM、FPKM或counts

定义差异基因标准（如处理组表达量是对照组的 2 倍以上或 0.5 倍以下），直接筛选基因

实现工具：LInux中用awk进行过滤，Excel、R