By liyupeng, 14 April, 2026
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基因结构注释镜像annotation_mark7打包上传

镜像介绍

  1. 基础镜像：pasa_mark4（基础镜像：pasapipeline/pasapipeline：latest，这个在docker hub上可以搜到），有点俄罗斯套娃，基本上是在pasapipeline/pasapipeline：latest基础上改装两次
  2. 下面是mark7的制作过程
  3. 放进去了weights.txt，alignAssembly.config一些预制文件，gene_anno.sh自动化注释脚本等
  4. 目的是为了把基因结构注释用到的软件全部塞进去
  5. apt，conda更新一下
apt-get update
conda update conda -y
  1. 安装braker3
    1. braker3环境的创建，激活，软件安装
conda create -n braker3 -y
conda activate braker3
conda install -c bioconda braker3=3.0.8 -y
  1. augustus的config文件夹在miniconda下面是只读不可写，所以拷贝一份出来，重新把路径传递给braker3
cp -r /root/miniconda3/envs/braker3/config/ /home/
mv config/ augustus_config
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/home/soft/augustus_config/
  1. 库文件的问题，只要安装这个boost，俩米娜附带的lib什么什么的就能够安装，最后augustus确认是否能够用

conda install -c conda-forge boost #
  1. github上clonegenemark-etp和prothint的文件，这里不需要密钥
git clone https://github.com/gatech-genemark/GeneMark-ETP.git #genmemark
git clone https://github.com/gatech-genemark/ProtHint.git #依赖，

将软件添加到环境变量中，永久保存
vim ~/.bashrc #编辑~/.bashrc文件，找个最下方的空行写入下面文本
    export PATH=$PATH:/home/soft/GeneMark-ETP/bin:/home/soft/GeneMark-ETP/bin/GeneMarkSTFiltering:/home/soft/GeneMark-ETP/bin/gmes:/home/soft/GeneMark-ETP/bin/gmst
    export PATH=$PATH:/home/soft/ProtHint/bin
source ~/.bashrc #重新启动改文件使环境变量生效
  1. 安装一些其他软件，上面软件的一些依赖
conda install -c bioconda star bedtools gffread hisat2 stringtie -y 

#安装evm
conda install evidencemodeler -y 
git clone https://github.com/EVidenceModeler/EVidenceModeler.git
#添加到环境变量中
export PATH=$PATH:/home/soft/EVidenceModeler
export PATH=$PATH:/home/soft/EVidenceModeler/EvmUtils
export PATH=$PATH:/home/soft/EVidenceModeler/EvmUtils/misc
  1. pasa_mark4的制作过程

基于镜像：pasapipeline/pasapipeline：latest进行的调整

https://www.kdocs.cn/l/crQJRIz0pFyS调整索引格式

docker run -it --name pasa_mark4 -w /home/ pasapipeline/pasapipeline


bash miniconda.sh #24.7.1

apt-get update
apt-get install vim -y
apt-get install sudo -y
apt-get install libgfortran5 -y

conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults    
conda config --add channels bioconda 

conda create -n trinity -y
conda install trinity -y #2.15.2
conda install -c conda-forge boost -y
conda install fastp -y
conda install bwa -y
conda install hisat2 -y #2.2.1

 alignAssembly.config #pasapipeline运行时的配置文件

镜像制作打包上传

  1. 打包容器为镜像
docker commit -a "K" -m "mark_series" 848581b4f3f8 annotation_mark7_v2:latest
  1. 制作镜像压缩包（可选）
docker save -o annotation_mark7_v2.tar annotation_mark7_v2:latest
  1. 镜像重命名
docker tag annotation_mark7_v2:latest koto2023/annotation_mark7:latest
  1. 上传至docker hub镜像仓库
    1. koto2023/annotation_mark7 - Docker Image
docker push koto2023/annotation_mark7:latest