一、GCTA软件计算表型的遗传力

核心算法是基因组限制性最大似然 (GREML)

准备好基因型文件和表型文件就可以计算遗传力

for f in /home/147_Tg_reseq/142_final_gwas_result/pheno_*_clean.txt; do 
    filename=$(basename "$f" .txt)
    gcta64 --grm 142samples_chr1-11_merged_ped_final_relatedness_matrix \
           --pheno "$f" \
           --reml \
           --out "/home/147_Tg_reseq/142_pep_final_gwas_result/h2_${filename}"
done

二、GEMMA计算表型遗传力

核心算法是高效混合模型关联算法 (Efficient Mixed Model Association)

GEMMA在运行关联分析后会出现log文件，其中包含遗传力信息

#关联分析代码
/bin/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 \
  -bfile 142samples_basefilter_only_snp_qc \
  -k gemma_kinship.cXX.txt \
  -p pheno_6_clean.txt \
  -lmm 4 \
  -miss 1.0 \
  -maf 0.05 \
  -outdir ./gwas_gemma \
  -o gwas_gemma_trait6_assoc_v2
  #提取log文件中的pve和se(pve)则是遗传力的数据