【金山文档 | WPS云文档】 蛋白结构功能验证处理流程
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蛋白结构功能验证处理流程图

Workflow of Protein Structure and Function Verification

从蛋白质结构的角度探究蛋白质功能是常见的生信分析方法，下面将详细解释本处理流程的每个步骤和需要用到的工具。

第一步：用基因组文件跑基因家族鉴定，然后鉴定出来的基因跑聚类，选择你要进行下一步的基因簇。

第二步：对应物种的转录组，在服务器里跑好，要bam文件和对应的csi索引。注释文件、基因组文件、bam文件都要在本地GSAman文件里进行下一步，根据转录组测序深度调整。一个基因簇的蛋白在一起先跑比对，也可以加入一个同源基因一起跑，看哪些基因缺位，也可以根据缺位推测基因哪个位置缺外显子。

第三步：用到clustalx、swissmodel和espript3.0，先找同源基因蛋白序列和结构文件，然后clustalx跑比对，再去espript3.0美化出图。motif要自己标注，acrobat即可。

第四步：alphafould3.0网站，自备梯子和谷歌账号，得到cif文件。

第五步：用到autodock tools和autodock vina，小分子自备，常见的可从pdb库网站里找。大规模筛选大组里有蛋白质库，肽库之类的资源。

第六步：Pymol进行美化，主要步骤的模型的调整和细节展现，分子间作用力展现和数值和氨基酸名称标注，后用PS组图。