1. 准备需要分析的基因家族文件，一个为GFF格式的基因家族文件，一个为fasta格式的基因家族文件，最后一个为你研究的基因家族ID的TXT格式文件。
2. 打开TBtools，进入如图一，先将GFF文件拖进去进行初始化，初始化完毕之后，在tag上选择CDS，ID上选择parent，其它设置如图，最后设置输出文件位置即可。

1. 在上一步输出完毕之后，将提取好的2000bp的启动子文件拖入（如图二），设置输出文件位置，将基因ID拖入文件，最后点击start即可。

1. 可对输出的文件进行自查，进入如图三的页面，将提取好的基因文件拖入查看是否为CDS前2000bp。
2. 打开浏览器进入plancare页面，填写邮箱地址，将提取好的基因家族前2000bp拖进，最后等待收件。（图三、图四）

1. 之后会收到一封来自 PlantCARE 的邮件，里面会附一个 .zip 压缩包，解压后包含：

• 每个基因启动子的顺式元件预测结果文件（文本 / HTML 格式）
• 里面会列出元件名称、位置、功能注释等信息

之后要——解压文件，把每个基因的结果整理到 Excel 里

统计关键元件的数量：

• MYB 结合位点（MBS）
• bHLH 结合位点（G-box/E-box）
• 其他你需要的元件（如光响应、激素响应元件）