https://www.kdocs.cn/l/ctiT2knRtvSf
PCR反应体系配制(25 μL体系)
2× Pro Mix 12.5ul
上游引物 1.0ul
下游引物 1.0 ul
模板DNA 1.0ul
无菌水 9.5ul
操作要点:
冰上操作,避免酶失活;
先加Master Mix和水,再加引物和模板,轻轻混匀(短暂离心收集液体);
如果你和我一样做的也是启动子的引物,那么此处的模版就是香榧的gDNA(CDS序列用的是cDNA)
PCR扩增程序
预变性 95°C 3min
变性 95C°C 15s
退火 Tm-5°C 15s(Tm值是设计引物时决定的)
延伸 72°C 根据基因大小调整30s/kb-60S/kb.(一般1kb设置是1分钟,2kb则需要设置为2分钟)
再延伸 72°C 5min
保温 4°C
一般为35个循环
(二)扩增产物检测(琼脂糖凝胶电泳)
制胶:这个需要大孔的梳子来制。
上样与电泳:
样品:将所有的PCR产物都加入到胶孔中
对照:加入5ul的DNA Marker(需要对应大小的Marker,比如我的就是DL2000)作为分子量标准;
100 V电泳20-30 min(溴酚蓝迁移至凝胶2/3处停止)。
成像:
用凝胶成像系统观察结果,目标条带大小应与预期一致(例:预期500 bp则条带位于Marker 500 bp位置)。
注意!!!!
我是四个基因,但是重复了很多遍。。。。因为启动子的比较难扩,所以如果没有得到想要的条带,通常可以这样解决
- :更换模版!去再找别人问问看他们有没有香榧的gDNA,然后再去扩试试
- :更换酶!(针对启动子引物来说)如果2× Pro Mix没有扩出来,那么可以尝试prime STAR MAX,如果还没扩增出来,可以用 KOD DNA Polymerase来试试,但是要注意这俩种酶的扩增程序和2× Pro Mix的不一样!!!此外当换成为KOD时,要注意加入的模版应该为5ul,水为5.5ul。
- :改变退火温度,需要稍微调整一下,可能上下浮动几度,需要尝试的。
- :多重一起尝试同时换吧。。。。。