By wangjiyang, 30 May, 2026
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https://www.kdocs.cn/l/ctiT2knRtvSf

PCR反应体系配制(25 μL体系)

2× Pro Mix 12.5ul

上游引物 1.0ul

下游引物 1.0 ul

模板DNA 1.0ul

无菌水 9.5ul

操作要点

冰上操作,避免酶失活;

先加Master Mix和水,再加引物和模板,轻轻混匀(短暂离心收集液体);

如果你和我一样做的也是启动子的引物,那么此处的模版就是香榧的gDNA(CDS序列用的是cDNA)

PCR扩增程序

预变性 95°C 3min

变性 95C°C 15s

退火 Tm-5°C 15s(Tm值是设计引物时决定的)

延伸 72°C 根据基因大小调整30s/kb-60S/kb.(一般1kb设置是1分钟,2kb则需要设置为2分钟)

再延伸 72°C 5min

保温 4°C

一般为35个循环

(二)扩增产物检测(琼脂糖凝胶电泳)

制胶:这个需要大孔的梳子来制。

上样与电泳

样品:将所有的PCR产物都加入到胶孔中

对照:加入5ul的DNA Marker(需要对应大小的Marker,比如我的就是DL2000)作为分子量标准;

100 V电泳20-30 min(溴酚蓝迁移至凝胶2/3处停止)。

成像

用凝胶成像系统观察结果,目标条带大小应与预期一致(例:预期500 bp则条带位于Marker 500 bp位置)。

 

注意!!!!

我是四个基因,但是重复了很多遍。。。。因为启动子的比较难扩,所以如果没有得到想要的条带,通常可以这样解决

  1. :更换模版!去再找别人问问看他们有没有香榧的gDNA,然后再去扩试试
  2. :更换酶!(针对启动子引物来说)如果2× Pro Mix没有扩出来,那么可以尝试prime STAR MAX,如果还没扩增出来,可以用 KOD DNA Polymerase来试试,但是要注意这俩种酶的扩增程序和2× Pro Mix的不一样!!!此外当换成为KOD时,要注意加入的模版应该为5ul,水为5.5ul。
  3. :改变退火温度,需要稍微调整一下,可能上下浮动几度,需要尝试的。
  4. :多重一起尝试同时换吧。。。。。