• LD 衰减分析可以查看整个群体及亚群的连锁水平，推荐软件 popLDdecay。
• 如果两个座位在基因组上离得越近，连锁就越强，LD度越大。因此，随着标记见距离的增加，平均LD度将降低，呈现衰减状态，称之为LD衰减图。
• LD衰减距离：平均LD系数降低到一定标准后（降低到最大值的一半；降低到0.2以下；降低到0.1以下），对应的物理距离。影响因素：群体类型，野生vs驯化（野生比驯化衰减的更快）；世代间隔（世代间隔短，重组概率高，LD连锁被打碎，R2值小，衰减更快）；染色体相对位置。
• LD衰减距离的应用：GWAS中估计标记的覆盖度，通过LD衰减距离和标记间平均距离的比较判断标记是否足够；判断群体多样性的差异，一般野生群体的LD衰减速度快于驯化群体。
• 该分析需要使用未进行 LD 过滤的 VCF 文件。

1 整个群体的LDdecay分析

# 教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/431182680  https://zhuanlan.zhihu.com/p/109164405
# 示例代码
~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat LDdecay

# 利用perl脚本生成R脚本，下载到本地，绘图
perl /home/software/PopLDdecay-3.43/bin/Plot_OnePop.pl -inFile all_LDdecay.stat.gz -output all_LDdecay_plot

2 按种群划分的LD衰减分析

# （1）准备种群文件，如RB种群
[root@3eb13a5fb4e6 pop_sample]$head 01RB.txt 
RB-5
RB-7
RB-2
RB-4

# （2）分种群进行分析，每个种群运行一次
/home/software/PopLDdecay-3.43/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -SubPop 02GZ.txt -OutStat 02GZ_pop_LDdecay 
/home/software/PopLDdecay-3.43/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -SubPop 03PN.txt -OutStat 03PN_pop_LDdecay

# （3）多个亚群共同绘图
## 新建文件夹LD_allresults，复制所有结果到该目录下
### 准备配置文件（提取 文件名称作为第一列，群体名称作为第二列）
ls *.stat.gz | awk -F'[_.]' '{print $0 "\t" substr($1,3)}' > ld_stat.list
### 配置文件内容如下
[root@3eb13a5fb4e6 LD_allresults]$cat ld_stat.list 
01RB_pop_LDdecay.stat.gz        RB
02GZ_pop_LDdecay.stat.gz        GZ
03PN_pop_LDdecay.stat.gz        PN
04MH_pop_LDdecay.stat.gz        MH

## 多亚群LD绘图
perl /home/software/PopLDdecay-3.43/bin/Plot_MultiPop.pl -inList ld_stat.list -output ld_stat.multi -keepR