遗传多态性：在一个群体中，存在两个或者多个有着相当高频率（通常大于1%）的等位基因时就称为遗传多态性。

01 数据准备

- vcf文件（不进行LD修剪）；

- 亚群列表文件:

[root@3eb13a5fb4e6 01pi]$head 01pop.txt 
RB-5
RB-7
RB-2
RB-4
RB-1
RB-6

02 计算π值

## Pi值计算
## 亚群分析
vcftools \
--vcf file.vcf \
--window-pi 100000 \ # 设置窗口大小
--window-pi-step $10000 \ # 设置step距离
--keep 01pop.txt \ # 亚群样品列表
--out ./Pi.pop1 # 输出文件前缀

03 绘制pi值沿染色体分布图

# 生成pi值文件列表
ls *.pi | awk -F"_" '{print $1"\t"$0}' | sed 's/^[0-9]*//' > Pi.list # 不符合的手动修改（包含了Total和total without RB）
# 下载pi后缀的文件